(一)办公室。协调机关政务，负责文秘、机要、保密、档案、信息、绩效考核、督查督办、新闻发布、目标管理等工作；负责机关财务管理工作；组织办理人大、政协有关建议和提案；负责会务、接待和后勤保障工作；协调处理突发性群体事件；负责机关规章制度建设；负责机关机构编制、人事管理和离退休人员的管理服务工作；会同有关部门组织水利行业教育培训；协助直属事业单位职称评定等人事管理；指导全县水利行业队伍建设；组织水利科技项目研究，新技术引进、推广和管理工作；承办有关知识产权事宜和全县水利行业的涉外工作。

(二)水资源股(色达县节约用水办公室)。承担实施最严格水资源管理制度相关工作，组织实施水资源取水许可、水资源论证等制度，指导开展水资源有偿使用工作；指导水量分配工作并监督实施，指导河湖生态流量水量管理，以及河湖水系连通工作；组织编制水资源保护规划，指导饮用水水源保护有关工作；组织开展水资源调查、评价和监测工作，组织编制并发布色达县水资源公报；参与编制水功能区划和指导入河排污口设置管理工作；负责计划用水和节约用水工作，承担县节约用水办公室日常管理工作；拟订水利地方性法规和政府规章草案并监督实施；拟订水利工作政策；指导全县水政监察及普法工作。

(三)建设与管理股。审核重要水利工程的初步设计；负责水利建设工程项目招标投标的监督执法；指导水利工程建设的管理和验收，指导水利建设市场的监督管理；指导江河堤防的运行管理；承担水利行业安全生产工作，指导水库、水电站大坝的安全监管，组织实施水利工程质量和安全监管，指导重大水利安全事故的调查处理。拟订全县水利行业综合发展战略规划，组织编制水利综合规划、专业规划、专项规划及投资计划；组织水利基本建设项目建议书和可行性报告的编制、审查、报批工作；组织指导有关防洪论证工作。

(四)水土保持股(行政审批)。负责组织编制水土保持规划并监督实施；组织实施全县水土流失综合防治和水土流失监测预报工作；参与权限内开发建设项目水土保持方案的审批工作，承担水土保持监督检查及水土保持设施自主验收的核查；指导水土保持建设项目的实施；承担县级水土保持补偿费征收管理工作；指导开展水土保持信息化工作。

(五)农村水利水旱灾害防御股。指导开展大中型灌排和重点水源点工程建设与改造；指导农村饮水安全工程建设管理工作；指导节水灌溉工作；指导农村水利社会化服务体系建设；指导牧区水利工作；指导已建农村供水工程的运行管理与除险加固工作；指导农村水利管理体制改革；指导农村小水电工作；负责组织编制洪水干旱防治规划和重要江河湖泊和重要水工程的防御洪水抗御旱灾调度以及应急水量调度方案并组织实施；承担水情旱情预警工作；承担洪泛区和防洪保护区的洪水影响评价工作；组织制定县管及县代管江河防御洪水预案、洪水调度方案和重点地区的抗旱预案并监督实施；指导、推动、督促全县各县(市)制定江河、重要水工程防御洪水预案和抗旱预案；承担防御洪水应急抢险的技术支撑。

(六)河湖管理股(色达县河湖长制办公室)。贯彻执行国家有关河湖保护、治理、管理工作的方针政策和法律法规；指导水域及其岸线的管理、保护和水利风景区建设管理工作；指导重要江河湖泊、河口的开发、治理和保护，指导河湖水生态保护与修复工作；监督管理河道采砂工作，指导河道采砂规划和计划的编制，组织实施河道管理范围。